元代开京杭大运河使运河贯通南北。但会通河所经山东地段地势较高，河道较窄，加以水源不足常苦水浅胶舟，不任重载。明成祖朱棣迁都北京，派平江伯陈疏浚江淮运河。又命工部尚书宋礼修治会通河（包括济州河在内），京杭大运河始畅通。清代继承明代遗制，继续疏浚和整治。
清代修治大运河，河道除人工开凿者外，还利用若干段不同水系的天然河道。天然河道，不时变迁，其中，黄河每次泛滥或者改道。必然严重破坏大运河。且天然河道概属东西走向，而大运河横贯南北，河床起伏地降差很大，因此河道工程极为浩繁。每段河道各有特点，除河名外，各有漕名。清代沿明旧，大致可分为七段：1北京至通州段称通惠河，漕称“里漕河”；2通州至天津段称北运河，也称白河、路河或外河，漕称“白漕”、“路漕”或“外漕河”；3天津至临清段称南运河，也称卫河或御河，漕称“卫漕”；4临清至台儿庄段称会通河，也称山东运河，共设节制闸四十余座，故漕称“闸漕”；5台儿庄至淮阴段是利用黄河，漕称“河漕”；6淮阴至扬州段称里运河，也称淮扬运河、南河或高宝运河。中经宝应、高邮、邵伯等诸湖，故漕称“湖漕”；7镇江至杭州段总称江南运河或转运河。又以苏州为界分为南北两部分：其北段称丹徒运河，漕称“江漕”；其南段称浙江运河，漕称“浙漕”。
清代治理运河重点有二：一山东境内会通河，一为江苏境内里运河。会通河地处鲁中山地，南旺号称“水脊”，地势高耸，水源缺乏。明代在戴村筑坝，导汶南旺，分水济运，以解决水源问题，又置水柜陡（牛）门，以调节水源，节制水流，才保证了会通河的顺利通航。但到了清代，水源诸泉多被填塞，会通河淤浅，安山、南旺、马踏、徽山等湖，逐渐淤淀，或被豪户侵占，辟田耕种，以致湖水日少，加以民田灌溉与漕运争夺用水，更影响蓄水济运。清代治理惠通河，除遵循明代旧例，修筑戴村坝，疏浚河道，培护堤岸，引水蓄湖，严闸启闭外，采取了如下措施：1申饬地方疏通泉源；2树立湖塘封界，禁止侵占；3将山东诸湖开浚筑堤，或增高培厚原有堤岸，蓄积湖水；4严禁百姓截流灌溉，违者治罪严惩。经康、雍、乾三朝连续治理，会通河百余年畅通无阻。
里运河治理更为艰巨。里运河北端的淮安与清口，为黄、淮、运交汇之处，上有洪泽湖，下有宝应、高邮、邵伯诸湖，南通长江，东连大海，河道纵横交错，地形和水系都很复杂。黄河泛滥，运河必坏。明末清初，河工年久失修，黄河年年泛滥，决口频繁，以致改道，夺淮入江，河水逆入清口，倒灌洪泽湖，合淮水并力东冲运堤。而江北里运河一线，黄、淮、湖、运联成一片，变为泽国，以致运堤崩溃，漕运阻塞。从顺治初年至康熙十五年(1676)，治河修运，均乏成效。自康熙十六年，靳辅担任河道总督，在《河道敝坏已极疏》中，提出“将河道运道一体，彻首尾而合治之”，筹审治河全局，制定了大修黄、运两河方案。在黄、淮、运三条河干上同时兴工，大规模治河修运。在整治黄、淮河同时，清除山阳、清河、宝应、高邮、江都五州县运河河道淤浅，一律开挖深通，修筑河岸堤工，堵塞运堤决口三十四处，修建闸坝二十六座及涵洞五十四座，筑成清水潭决口东、西堤各一道，开绕西越河即永安河一道。此外，又开烂泥浅引河二道：一自新庄闸西南至太平坝，一自文华寺永济河头，南经七里闸转而西南也至太平坝，并把南运口移至七里闸，两渠并行，互为月河，俱达烂泥浅，分水十之二佐运，十之八射黄刷沙。以上各项，三年中次第告竣。二十二年，黄、淮两河尽复故道。里运河各项大工完成。于是，运艘及商民船只往来通行，安全无险。
康熙二十五年至二十七年初，以黄河风涛险恶，漕运不便，于宿迁、桃源、清河三县黄河北岸遥、缕二堤内，挑开三百里中河一道，再改由仲家庄出口，并建双金闸一座。漕船一出清口，即可截流径渡北岸，由仲家庄运口进入中河（又称中运河），历皂河、河北上。自此，中河代替了明代以来的“河漕”，使黄、运分离，避免了黄河一百八十里风涛之险。后来，新任河督于成龙因中河逼近黄河堤岸，不便筑堤，又自桃源盛家道口至清河，弃中河下段，改凿六十里新河一道，是为新中河。康熙晚期，河督张鹏翮以新中河河头弯曲窄浅，漕船行驶不顺，故截用旧中河上段和新中河下段合为一河，重新疏浚，仍名中河，并移中河运口于张家庄。至是，中运河才告最后完成。
乾隆晚期，河工日渐松驰。黄河多次决口，淤塞运道，清廷不及时修复，而开始借黄济运，勉强维持漕运。嘉庆时期，河患日深，几乎无岁不决，运道淤塞严重。道光初年，大运河已处处淤塞难通，几乎仅存一线河形而已。至咸丰五年(1855)，黄河在河南铜瓦厢决口，改道北徙，穿运挟汶而东，经东阿、历城，由山东利津入海。大运河长江以北运道，大部被黄河淤塞冲毁，京杭运道断绝。
古时运河上的货运，主要是漕运和盐运，而漕运是中国古代特有的历史现象。自元代开浚会通河，江南漕船经山东运河可直达通州算起，至清末宣布废弃漕运为止，元明清三代相继推行漕运制度绵延600多年，而京杭大运河在历代漕运中发挥了难以估量的巨大作用。
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